La dieta FODMAP deve essere seguita con la supervisione del gastroenterologo e del dietista, per tempi ben definiti. Questo perché a lungo termine una dieta a basso contenuto di FODMAP potrebbe creare carenze nutrizionali e modificazioni sfavorevoli al microbioma. La dieta a basso contenuto di FODMAP può rappresentare un rischio per le persone con malattia infiammatoria intestinale (IBD), perché sono già a rischio di malnutrizione.
L’aspetto restrittivo di questa dieta potrebbe acutizzare un disturbo del comportamento alimentare. É quindi fondamentale che la dieta FODMAP venga prescritta dallo specialista, seguita con la guida della dietista.